Мадона нарадзілася ў Bay City, штат Мічыган, ЗША. Яе маці, Мадона Луіза (у дзявоцтве Форцін) вяла род ад канадскіх французаў; бацька, Сільвіа «Тоні» Чыкконе, амерыканскі італьянец, працаваў інжынерам-дызайнерам на заводзе Chrysler/General Motors. Мадона стала трэцім дзіцем з шасці дзяцей у сям'і.

Бацька выхоўваў сваіх дзяцей у строгасці, патрабуючы ад іх абавязковага наведвання царквы па нядзелях і руплівых заняткаў у школе. Ён забараняў ім нават глядзець тэлевізар.

У дзяцінстве Мадона, па агульным меркаванні, была ў роўнай меры мілым і дураслівым дзіцем. Яна вельмі кахала маці. Аднак яна памірае ад рака, калі Мадоне было ўжо больш пяці гадоў. Для дзяўчынкі гэта стала трагедыяй. Яна на два года запала ў іпахондрыю, пераканаўшы сябе ў тым, што ў яе, як і ў маці, рак. Дом стаў для яе сховішчам. "Пасля смерці мамы, - успамінала пазней Мадона, - у мяне з'явілася жудаснае адчуванне, што ўсё мяне кінулі". Мессана, сяброўка дзяцінства Мадоны, цяпер акторка і маці чацвярых дзяцей, памятае Мадону як "вельмі далікатнаю, прыгожаю маленькаю дзяўчынку з доўгімі, цёмна-каштанавымі, злёгку павойнымі валасамі. У яе была радзімка на твары, ад якой яна намервалася пазбавіцца". Разам з Мадонай Мессана ў дзяцінстве пекла печыва і прадавала яго на вуліцы , каб запрацаваць некалькі цэнтаў на марожанае.

Сям'я Чыкконе была настолькі набажнай, што дзяцей штодзень паднімалі ў шэсць гадзін раніцы, каб яны правялі час ў царкве, перш чым іх адвязуць у прыхадскую школу. У 1966 годзе бацька Мадоны ажаніўся на Джоан Густафсон. У іх нарадзілася яшчэ двое дзяцей. Мадона, як распавядаюць, нялёгка прыстасавалася да мачахі.

Эпатажная натура дзяўчынкі адкрылася яшчэ ў школе: "Мне жадалася рабіць усё наадварот, - успамінае Мадона. - Мне забаранялі фарбавацца, апранаць нейлонавыя панчохі, мець кароткую прычоску". У знак пратэсту, каб прыцягнуць да сабе пабольш увагі, Мадона нацягвала на свае падлеткавыя ножкі пару выклікалых часта разнамастных панчох. Аднойчы знялася ў аматарскім фільме на хатняй студыі свайго прыяцеля, дзе па сюжэце ў яе на жываце смажылася яйка. Затым яна ўдзельнічала ў конкурсе талентаў, дзе танчыла апранутая ў адно толькі бікіні. У яе прыгожых, хвалюючых блакітных вачах утойваўся востры розум і жалезная рашучасць дамагчыся поспеху. Нават страту некранутасці яна разглядала як крок у кар'еры. Але тым не менш у каталіцкай школе, дзе яна вучылася, у яе былі толькі выдатныя адзнакі. А у старэйшых класах яна да таго ж стала арганізатарам школьных аматараў на спартыўных змаганнях, гуляла ў драмгуртку, займалася ў балетнай студыі.